뒤에 헤라클레스는 보이오티아의 오르코메노스 왕국과의 전쟁에서 승리했고, 왕녀인 메가라와 결혼했다. 그러나 그는 헤라가 내린 광기의 발작으로 그녀와 아이들을 죽였고, 다시 에우리스테오스의 신하가 될 수밖에 없었다. 헤라클레스에게 그 유명한 노역들을 겪게 한 것도 에우리스테오스였다. 뒤에 헤라클레스의 노역은 보통 다음과 같은 12가지로 정리되었다. 

① 네메아의 사자를 죽이는 일로서 이후로 헤라클레스는 그 가죽을 입었고, 
② 9개의 머리를 가진 레르나의 히드라를 죽이는 일, 
③ 아르카디아의 잡기 힘든 사슴을 잡는 일, 
④ 에리만토스 산의 멧돼지를 잡는 일, 
⑤ 엘리스 왕 아우게이아스의 외양간을 단 하루 만에 청소하는 일, 
⑥ 스팀팔리아 늪지에 사는 사람을 먹는 괴물새들을 쏘아 죽이는 일, 
⑦ 크레타 섬을 공포에 떨게 했던 미친 소를 잡는 일, 
⑧ 비스토네스의 디오메데스 왕의 사람을 잡아먹는 암말들을 잡는 일, 
⑨ 아마존 여왕 히폴리토스의 허리띠를 가져오는 일, 
⑩ 서쪽 끝에 있는 에리테이아('붉은 색'이라는 뜻) 섬을 다스리는 몸이 3개인 거인 게리온의 소떼를 잡는 일, 
⑪ 헤스페리데스가 세상 끝에서 지키고 있는 황금사과를 가져오는 일, 
⑫ 지하세계에서 그곳의 문을 지키는 머리가 3개인 개 케르베로스를 데려오는 일 등이다(→ 아우게이아스). 

이 노역들을 다 마친 헤라클레스는 군사원정을 포함한 다른 일들을 시작했다. 또 데이아네이라에게 청혼하기 위해 강의 신 아켈루스와 싸워 이겼다. 데이아네이라를 집으로 데리고 오는 도중 켄타우로스인 네소스가 그녀를 범하려 하자 헤라클레스는 독화살로 그를 쏘았다. 켄타우로스는 죽어가면서 데이아네이라에게 자신의 상처에서 나오는 피를 보관하라고 하면서 그 피가 묻은 옷을 입는 사람은 그녀를 영원히 사랑하게 되리라고 일러주었다. 몇 년 뒤 헤라클레스가 오이칼리아 왕 에우리토이의 딸 이올레와 사랑에 빠지자, 데이아네이라는 이올레가 자기의 경쟁자임을 알고 네소스의 피가 묻은 옷을 헤라클레스에게 보냈다. 그러나 사실 이 피는 강력한 독이었으므로 헤라클레스는 죽게 된다. 그의 시체는 오이타(지금의 그리스 오이티) 산의 장작더미에 놓여 몸은 타버리고 영혼은 하늘로 올라갔다. 하늘에서 그는 헤라와 화해하고 헤베와 결혼했다.