메데이아는 콜키스 왕 아이에테스의 딸이다(아이에테스). 따라서 그녀는 태양(헬리오스)의 손녀이며, 마녀 키르케의 조카딸이다. 그녀의 어머니는 오케아니스인 이디이아이다. 그러나 때로는 모든 마녀들의 여주인인 헤카테 여신을 그녀의 어머니로 보기도 한다. 디오도로스가 따르는 전승에 의하면, 헤카테는 아이에테스의 아내이고, 메데이아는 키르케와 자매간이다. 

알렉산드리아와 로마 문학에서 메데이아는 마녀의 전형이 되었다. 이는 아티카 비극과 아르고나우타이의 전설에서 이미 그녀가 맡았던 역할이기도 하다. 
메데이아가 없었다면 이아손은 황금 양털을 얻지 못했을 것이다. 

헤파이스토스의 황소들이 내뿜는 불로부터 보호받을 수 있도록 이아손에게 고약을 준 것도 그녀이며(아르고나우타이), 용들에게 마법을 걸어 잠들게 한 것도 그녀이다. 디오도로스가 전하는 후대의 전설에 따르면 실제로 메데이아는 매우 인간적인 왕녀로, 그 나라에 접근하는 이방인들을 모두 죽인다는 아버지의 정책에 반대했다고 한다. 그녀의 말없는 반대에 화가 난 아이에테스는 그녀를 감옥에 넣었지만 메데이아는 어렵잖게 그곳을 빠져나왔는데, 마침 그날 아르고나우타이가 콜코스 해안에 상륙했다. 그녀는 즉시 그들과 운명을 같이 했으며, 자신이 이아손을 도와 황금 양털을 손에 넣게 해주는 대신 그는 자신과 결혼해 달라고 요청하여 약속을 받아 냈다. 나라 사정을 잘 아는 그녀는 귀중한 유물들이 보관되어 있는 신전의 문을 손수 열었고, 그동안 아르고나우타이는 병사들을 공격해 달아나게 했다. 하지만 전설의 여러 일화들을 다음과 같이 <합리주의적> 으로 해석한 전승도 있다. 가령, 불을 내뿜는 황소들이란 실상 타우리스에서 온 병사들이라든가, 황금 양털이란 방랑 끝에 그곳까지 오게 된 아타마스의 아들 프릭소스의 가정교사인 <양> 이라는 자의 유품에 지나지 않는다든가 하는 이야기들 말이다. 

하여간 황금 양털을 손에 넣은 메데이아는 이아손과 아르고 선원들과 함께 달아났다. 모든 전설들에서 일치하는 한 가지 사실은 그가 그녀에게 결혼을 약속했다는 것 그리고 후에 메데이아가 저지른 죄들은 이아손의 배반 때문이라는 이유로 정당화된다는 것이다. 메데이아는 이아손에게 승리를 안겨 주고 그를 따르기 위해 아버지를 배반하고 버렸을 뿐 아니라 아버지의 추적을 늦추기 위해 남동생 압시르토스를 인질로 잡아다가 서슴없이 죽여 토막을 내었던 것이다(아르고나우타이). 

이아손과 메데이아의 결혼이 콜키스에서 즉시 성사되지는 않았다. 결혼은 파이아케스 족의 왕 알키노오스의 나라에 이를 때까지도 미루어지다가, 왕의 아내 아레테 덕분에 비로소 성사되었다. 아이에테스는 알키노오스에게 사신들을 보내 딸이 아직 처녀라면 엄벌에 처하도록 돌려달라고 요구했다. 알키노오스는 메데이아를 돌려줄 셈이었지만, 아레테는 왕의 이러한 결심을 메데이아에게 몰래 알렸고, 이아손은 그녀를 구하기 위해 마크리스 동굴에서 그녀와 결합했다(알키노오스, 아르고나우타이). 

아주 후대에 형성된 또 다른 전설에 의하면, 이아손은 콜키스에서 결혼하여 그곳에서 4년 가량 살다가, 비로소 그 지방에 갔던 소기의 목적들을 성취했다고 한다. 메데이아는 아르테미스의 여사제로(타우리스의 이피게네이아처럼) 콜키스에 접근하는 모든 이방인들을 죽여야 할 임무를 맡고 있었다. 그러나 이아손을 본 그녀는 첫눈에 반해(아프로디테 여신 자신이 직접 마음을 움직여) 이아손을 죽이는 대신 그와 결혼을 하고 말았다. 이피게네이아와 오레스테스의 이야기에서 따온 것이 분명한 이 전설은 본래 이야기는 아닌 듯하다. 
헤시오도스에 의하면 이아손과 메데이아 사이에서 메데이오스라는 아들이 태어났다고 하며, 또 다른 신화학자들에 의하면 에리오피스라는 딸도 있었다고 한다. 후대의 비극들에서 비롯된 전승에 따르면, 그들의 두 아들은 페레스와 메르메로스이다. 디오도로스는 테살로스, 알키메네스, 테이산드로스를 그들의 아들로 본다. 

이아손과 함께 이올코스로 돌아온 메데이아는, 이아손에게 황금 양털을 찾아 오라고 시켜 그를 죽이려 했던 펠리아스에게 복수하기 시작했다.(펠리아스, 이아손) 그녀는 자신에게는 모든 생물을 젊어지게 하는 능력이 있다고 왕의 딸들을 설복했다. 어떤 생물이든지 메데이아 자신만이 비방을 아는 탕약 속에 넣고 삶으면 다시금 젊어진다는 것이었다. 그리고 그녀들이 보는 데서 늙은 양을 토막내어 불 위에 얹어 둔 큰 솥에 넣고 삶다가 잠시 후에 가마솥 안에서 아주 기운 찬 어린 양을 꺼냈다. 그녀의 솜씨를 신뢰하게 된 딸들은 아버지 펠리아스를 토막내어 메데이아가 준비한 가마솥 속에 넣었는데, 펠리아스는 다시 나오지 않았다. 이 살인이 있은 뒤 펠리아스의 아들 아카스토스는 이아손과 메데이아를 자신의 왕국에서 추방했다. 같은 전설의 또 다른 이본은, 절대 살아 돌아오지 못할 것으로 믿었던 이아손이 돌아온 데 대해 펠리아스가 의구심을 품지 않은 것을 설명하기 위한 것으로, 메데이아 혼자 아르고 선을 떠나 아르테미스의 여사제로 변장해 이올코스로 갔다고 되어 있다. 펠리아스가 죽고 그의 딸들이 공포에 떨며 도망가고 나자, 메데이아는 이아손을 불러오게 했다. 이아손은 황금 양털을 찾으러 갈 때 아버지의 뜻을 거역하 면서까지 그를 따라나섰던 펠리아스의 아들 아카스토스에게 왕국을 주었다. 그리고 앞의 전설에서처럼 이아손과 메데이아는 코린토스에 가서 살았다. 

코린토스는 아이에테스가 태어난 나라이다(아이에테스). 이곳에는 <메데이아의 아이들> 에게 바치는 제사가 있었는데, 메데이아의 전설에 나오는 다음과 같은 일화는 그 제사에서 비롯된 것일 수도 있다. 이아손과 메데이아는 코린토스에서 한동안 잘 살았으나, 크레온 왕은 이아손을 자신의 딸 크레우사와 결혼시키기 위해 메데이아를 추방했다. 그러자 그녀는 출발 날짜를 하루 연기받아 복수를 준비했다. 즉 자식들을 시켜, 독에 담근 옷과 장식물, 보석 등을 행복한 신부에게 갖다 바친 것이다. 왕의 딸이 이것들을 몸에 걸치자마자 불이 붙었고 그녀를 구하러 달려온 아버지는 물론이고 궁전 전체가 불길에 휩싸였다. 그동안 메데이아는 헤라의 신전에서 자기 자식들을 죽인 뒤[에우리피데스의 메데이아에는 자기 집에서 죽여 헤라 신전으로 옮긴 것으로 되어 있다], 조부인 헬리오스(태양)의 선물인 날개 달린 수레를 타고 아테나이로 날아갔다(크레온). 이렇듯 메데이아의 자식들이 어머니의 손에 죽임을 당했다는 이야기는 에우리피데스에서부터 시작되었다. 이전의 전설에 따르면 아이들은 크레우사에게 옷과 보석을 갖다 주었다는 이유로 코린토스 인들의 돌에 맞아 죽었다고 한다(메르메로스). 

자식들을 죽이는 범죄를 저지르기 전에 메데이아는 아이게우스로부터 도움을 받기로 약속해 두었으므로 아테나이로 피신했고, 아이게우스가 자신을 아내로 맞이하면 그에게 아들을 낳아 주겠다고 약속했다(아이게우스). 후에 테세우스가 아버지를 찾아오자 그녀는 그를 죽이려다 실패하고 아테나이에서 추방당했다. 그래서 그녀는 아이게우스에게서 낳은 아들로 메데스 족의 명조가 될 메도스를 데리고 아시아로 돌아갔다. 콜키스에서는 페르세스가 아이에테스를 왕좌에서 몰아냈던 터라, 그녀는 아버지에게 왕국을 돌려주기 위해 페르세스를 죽이게 했다. 

전해 내려오는 이야기에 의하면 메데이아는 죽지 않고 엘리시온으로 가서 그곳에서 아킬레우스와 결혼했다고 한다(이피게네이아, 헬레네, 폴릭세네와 마찬가지로)[아킬레우스가 죽어서 간 곳은 <행복한 자들의 섬> , <흰 섬> , <엘리시온> 등 여러 가지로 이야기된다].